多吉丹寺，亦称“贡噶寺”。由吐敦·衮噶南杰于1464年创建。吐敦·衮噶南杰（1432～1496）生于拉萨市尼木县吞地方的吐弥家族中，故敬称为“吐敦”。幼名“扎安杰布”，因幼年时即善巧五大陀罗尼的诵持，故有此称号。后从吉·降巴林巴（慈洲大师）受比丘戒，又从宗巴·索南桑布诸大德学习显密教法，获得萨迦派的嫡传教授。33岁时在前藏贡嘎以东建多吉丹寺，广弘萨迦教法，成为前藏萨迦派最有力的道场。

　　萨迦派由贡却杰布（1034～1102）始创于1073年。贡却杰布自称吐蕃时期贵族昆氏家族的后代。墀松德赞时（8世纪）在桑耶寺（今扎囊县境内）剃度了西藏第一批僧人“七觉士”，其中就有昆氏家族的人。

　　吐敦·衮噶南杰传出的法统称“后宗巴系”或“贡噶系”。在密宗方面，萨迦派出现了三个支派：鄂尔支派、擦尔支派、贡噶支派。鄂尔派由鄂尔钦·贡噶桑波（1382～1456）创立。贡噶桑波是在萨迦生长、学习的，曾做过萨迦寺的堪布，相传各地来从他受戒的人有一万二千多人。1429年他48岁时人创建了艾旺曲丹寺，通称“鄂尔寺”，成为晚期萨迦派在后藏的重要密教传授场所。贡噶支派由吐敦·衮噶南杰创立，多吉丹寺成为前藏传授萨迦密法的重要场所。擦尔支派由擦尔钦·罗赛嘉措（1496～1566）创立。罗赛嘉措先在札什伦布寺为僧，后改学萨迦的鄂尔和贡噶两支派及此二派没有传过的密法，他常住的寺院是土丹根培寺，他的弟子也很多，第五世0也曾向他的后辈门徒学过法。

　　据《卫藏道场胜迹》记载：多吉丹寺“营建精美绝伦。大殿后堂的净香室中供有班钦·迦耶多罗的颅盖骨，颅内有极为殊胜的释迦像”。寺内还有事续（是注重身、语、意三业的外部事相）、行续（是对外身、语和对内意念交相为重而修的瑜伽三摩地法）、瑜伽续（是专事内心修三摩地法）、无上瑜伽续（专事内瑜伽的最胜三摩地法。即便慧双融、东空双融的大三摩地法）的四十五种修法会供曼荼罗，极其精美。