墨如宁巴寺坐北朝南，东西长52.2米，南北宽39.4米，面积为2056.68平方米。后部正中为佛殿，高3层，系该寺主体建筑。佛殿两侧和前面环绕僧房，高2层，；僧房前有明廓，形成主次分明、错落有致、完整严密的布局。寺院大门原辟于南侧，从南边僧房中间穿过。后改辟于北侧，从主殿与两侧房形成的夹廓中向北穿出。主殿平面基本呈方形，面积606.3平方米（东西长25.8米，南北宽23.5米）。大殿一层为经堂、佛殿，两侧为库房。经堂5进5间，进深11.3米。面阔11米，有16柱，中间4柱升高托起高敞天窗；经堂四壁遍绘密宗题材壁画，系黑底上以黄色单线色勒描绘。壁画线条流畅，画面醒目。经堂后部为佛殿，地平较经堂高约1米。佛殿前门为屏风式，较秀丽。正中为2进3间佛殿，右边侧室系库房，左边与库房相对处为梯子。殿内主供第五世达赖（阿旺·罗桑嘉措）主持制作的金刚佛面具。出经堂前门即为门廓，门廓最前排4根大柱撑起出前墙近2米的木构房檐。构件雕饰繁丽，接合严谨。

            　　

　　墨如宁巴寺内最早的建筑为“藏巴拉”佛殿。藏巴拉佛殿位于主殿西侧僧房的中部，坐西朝东，面积为54平方米（长7.5米，宽7.2米）。平面布局颇有特色，正中拱围着面积很小的神龛，内供藏巴拉塑像。佛殿用材粗厚，梁架截面多加工成方形或长方形状，椽条亦较粗。佛殿建筑低矮，经廊亦很狭窄，采光不佳。佛殿中心的墙体大部分为夯筑土墙，墙体表面是厚约2厘米的草拌泥和白灰面，白灰面上绘有壁画（今已不存）。据藏文史书记载：第五世达赖时期的传召法会中，藏巴拉佛殿曾是乃穷寺僧人的法会堂，其时该寺聚集僧人114名；普通宗教节日里，该寺一般聚集僧人34名；平时祈褥则仅有僧人4名。

            　　

　　墀祖德赞（815～836年在位）时期，在大昭寺四周修建了6座佛殿，即东西面有噶如和墨如，南面有噶瓦和噶瓦卫，北面有产康和产康它玛。其中的“墨如”即现在的“墨如宁巴寺”。墨水如演变为墨如宁巴约始于第十三世达赖喇嘛士登嘉措（1876～1933）主持下对墨如寺进行了大规模的修葺扩建，使之形成了今天的规模。与此同时，由乃穷寺法王释迦亚培主持在小昭寺北又兴建了一座寺庙名“墨如寺”，从此大昭寺东面的“墨如寺”遂称“墨如宁巴寺”（即老墨如寺），以区别于新建的“墨如寺”。其实，墨如寺巴寺内惟一可以与此名称相配的是藏巴拉康建筑，其布局和结构保留了不少吐蕃早期的东西。围绕这座拉康还有许多早期的传说。据乃穷寺法王释迦亚培的部分著作称：这个拉康是吞弥·桑布扎（吐蕃松赞干布时期重臣）创造藏文的圣地，也是吞弥·桑布扎的资料室。这些都为研究该寺历史提供了宝贵的线索。