上密院始於1485年（藏歷第八繞迥之木索年），因該年拉薩河上遊洪水泛濫危及拉薩市民，後得當時德高望重的密宗法師傑·貢嘎頓珠前來吉曲河邊祈禱治水，經他虔心念經祈願後，第二天洪水下降了，免除了拉薩壹次大水災。當時帕竹地方政權（創建人為司徒·絳曲堅贊）的薩溫·達隆巴為獎勵其治水之或，頒發封文執照，並將小昭寺封賜給他作為修行之所。因他原在拉薩河上遊的衛堆窮木達的塞哇壟山洞中（今墨竹工卡縣境內）習修弘傳密教，得小昭寺後以該寺為其弘傳密法的基地，故更名“上密院”。

            　　

　　傑·貢嘎頓珠出生於1419年（藏歷第七繞迥之土豬年），家住後藏乃寧地方。幼年到納塘寺隨傑·貢巴頓珠出家受沙彌戒（即三十六戒），研習《釋量論》（即羅輯學）並遊學到拉薩哲蚌根培林（即哲蚌寺後山“根培日措”）聽傑·喜饒僧格（宗喀巴的密巴宗繼承者）和堪欽白洛講經傳法，後進入下密院修習密法。1464年因與下密院不睦，而帶其六名徒弟到衛堆窮木達的塞哇壟山洞靜修密宗教法，成就甚著並開始弘傳。扣於1485年以密漢及祈禱制止了拉薩大水災。1487年2月圓寂，享年68歲。傑·貢嘎頓珠生前囑咐：“我死後將我的心臟和舌頭為新造佛像裝藏，腦袋骨作為供器。”後來弟子們遵照所囑將心臟和舌頭裝入壹尊新制金佛像腹內，壹直供奉在上密院內；腦袋骨作為供水碗放在直貢拉孜袞薩寺內。

            　　

　　上密院規定僧員500人，定編5個康村，設堪布1人，統管全寺政、教事條，處理寺內外壹切重大事宜；設喇嘛翁則1人，專管宗教活動，領導寺僧學修密法；格貴1人，總管教規定寺規的行執行；強佐6人，分管地屬莊園及僧眾的生活供應。除強佐外，堪布、翁則、格貴均必須由拉薩三大寺取得“格西拉讓巴”學位的學者擔任，其任免必經達賴或攝政王審批。該寺有“文革”時期被破壞，後由政府撥款修復，現有六十多名僧人從事密宗教法的習修。

            　　

　　下密院：位於拉薩幸福路北面，東與墨如寺相連。占地面積為2100平方米（10.6廟）。下密院，藏語稱“舉麥紮倉”，是下部地區弘傳密法之所，屬藏傳佛教格魯派密院最高學府之壹。

            　　

　　下密院始建於1433年（藏歷第七繞迥之水牛年），距今約五百七十年。系宗喀巴八大弟子（即：號稱為絳噶哇大師的嘉祥曲桑、上座桑炯瓦、上府仁欽堅贊、上府強僧哇、垛丹·健白嘉措、格西喜饒紮、傑尊·喜饒僧格、格西白炯瓦）中的第七位傑尊·吉饒僧格所創建。傑尊·喜繞僧格生於1382年（藏歷第六繞迥之水狗年），出生於後藏古爾瑪地方。父名丹巴瑪波，母名曲古紮西。幼年入納塘寺依珠巴·吉繞堪欽為師受沙彌戒，研習各派教法，其中對香巴噶舉教法造詣最深。1401年遊學各地，來到前藏在色拉曲頂聽宗喀巴講授顯密教法，深得精要。1419年（藏歷第七繞迥之土狗年）秋，宗喀巴為哲蚌寺阿紮倉大威德金剛本尊開光後到色拉曲頂講授密法。法會上宗喀巴大師對眾弟子再三諭以：“吾之密法誰能繼承弘揚之？”而無人敢承受。這時，傑尊·喜繞僧格起立恭答：“大師的密法，弟子能繼承發揚！”宗喀巴甚悅，當即賜以各種密宗法器、經籍，並勉其勤奮弘揚，利益“有情”（即有生命的所有生靈）。傑尊·喜饒僧格遵照宗喀巴旨意先在桑布通蒙紮倉（即山南的那繞達布紮倉）為基地弘傳密法，後於1426年與師兄根敦珠巴結伴到後藏弘傳講演顯宗各部精要後而返前藏，並在1433年在拉薩興建密宗院，後由其弟子傑·貢嘎頓珠在拉薩河上遊壹帶弘傳所授密法，在小昭寺建立了上部密宗院，因喜饒僧格的密宗始於拉薩，故稱為“下密院”。1445年圓寂，享年63歲。

            　　

　　下密院主要建築包括經堂、佛殿、辯經場、印經房等。其中無論建築規模和藝術價值都以主殿為最。主殿設在密院中央，坐北朝南，高四層，有房屋七十余間。底層南部為大經堂，北部為佛殿，中有5門相通。經堂占地面積882平方米，開間較大，有柱48根，正中4柱直通二三層承托高敞天窗，可容五百余名僧人誦經；四壁遍繪壁畫，內容多為格魯派故事。東側室房內有柱12根，供有泥塑佛像3尊。經堂大門兩有巨大幅護法神壁畫6幅。佛殿面積為415平方米，西有廂廊。殿內主供宗喀巴大師三徒泥塑彩繪像，高約10米；左右為護法神殿，高約10米；左右為護法神殿，供有護法神像。主殿二層平面呈“冂”形，北端殿堂內供有無量壽佛和觀音菩薩泥塑像，余皆為佃舍；主殿三層亦為僧舍；主殿四層為達賴住所，面積較小，僅有1柱。在主殿西邊有壹辯經場，中為露天場地，周圍是回廊建築，其南與印經房相通。主殿正前方43米處原為密院大門，40米處為二門，兩門左右都是東西排列的僧舍，現已拆除新建。

            　　

　　下密院規定僧額為500人，編有5個康村，設堪布1人、喇嘛翁則1人，都是任期三年；強佐4人，任期四年；格貴1人，任期壹年。上述僧職均須報請達賴或攝政審查任免，其職責與上密院相同。該寺在“十年動亂”中慘遭破壞，十壹屆三中全會以後政府撥款修復，現有寺僧五十余人從事密教的修學。

            　　

　　上密院和下密院的僧人，按當時的規定只有在拉薩三大寺顯宗紮倉修習畢的人才有資格進入。雖然哲蚌、色拉兩寺亦有密宗紮倉，但都屬於低級階段，上密院和下密院屬於高級階段。上、下密院在組織上與甘丹寺的關系是平行的。其僧員來源有兩種：壹是在三大寺考取格西的僧人，稱為“佐仁巴”；二是具有三大寺僧籍和少數來自其他寺廟的附讀僧人，稱為“吉仁巴”。這兩種寺廟的附讀僧人，稱為“吉仁巴”。這兩種僧人統稱“喇嘛舉巴”（藏文意為“上師密宗院”），但惟有佐仁巴才是喇嘛舉巴的正宗。

            　　

　　上密院的下密院的僧規制度以嚴格著稱。在生活待遇上，對佐仁巴和吉仁巴壹視同仁，就是有活佛身份的僧人也不例外。其修行方法帶有苦行僧與行腳僧的特色，生活很苦，制度極嚴：午夜上殿時壹律光腳；法園讀經，每人在樹下挖壹地坑，坑內鋪上石子，人坐其上，無論風霜雨雪都留在露天，不得間斷；遵行僧人非時食戒，過午不食；夜間集體睡在大殿上。僧人外出遊居，每年按規定日程到達指定地點，修甘壹種法，年年如此，周而復始；外出時要列隊集體行動，自負行李，除堪布可騎馬外，壹律步行，風雨無阻。外出遊居規定佐仁巴壹年、吉仁巴九年；遊居地點近則在拉薩布達拉宮、大昭寺、哲蚌寺、色拉寺、甘丹寺等，遠則在100公裏以外。

            　　

　　上密院和下密院修習內容主要為集密、勝樂、大威德三金剛以及其他次要的金剛和護法密法。這些神有牛頭獸面之神，有男女雙身之神，這正是喇嘛寺廟與壹般佛教明顯不同的地方。密法的經咒、灌頂、壇場、儀軌等，名目繁多，神秘莫測。

 　           　　

　　上密院和下密院是壹個無規定年限的修習單位。修習僧人可隨時退學，亦可在此終老壹生。可是對佐會巴中之具備拉讓巴學位的僧人，可以按照年資侯缺升任紮倉的執事，這是壹條在經院組織中登峰造極的道路。

            　　

　　上密院和下密院的紮倉組織與壹般的紮倉組織大體相同。但紮倉的重要執事，從格貴以上必須由拉讓巴學員升任。格貴期滿，而後按照年資候缺升喇嘛翁則。翁則任滿，再按照年資侯缺各堪布。堪布任期三年，任滿退職，名為“堪蘇”。凡上密院的堪蘇，可按照年資候缺升補復孜卻傑（法臺）；下密院的堪蘇，則按照年資候缺升絳孜卻傑（法臺）。夏孜、絳孜（意為東峰、北峰）是甘丹寺的兩大紮倉，卻傑意為法尊，這兩名法尊可輪流遞補甘丹寺的首席即“甘丹赤巴”，成為格魯派創始人宗喀巴法座的繼承人。擔任了甘丹赤巴後，再遵循由顯而密成為活佛，可以從此圍世。甘丹赤巴任期七年，任滿後名為“赤蘇”，即卸任赤巴。無論在職期間或任滿退職後，都有資格成為代替達賴，掌辦西藏地方政務的候選人之壹。