申紮自然保護區正處於羌塘內流區南部大湖密集的寬廣湖盆地帶，眾多湖泊均為發育於岡底斯山北麓斷陷帶內的構造湖；面積4萬平方公裏，區內的格仁錯水域面積476平方公裏，水面高程4650米。因位置偏南，海拔稍低於羌塘高原中北部，氣溫稍高，有少量農田可種植青稞作物；年降水量300毫米，但受到岡底斯山頂冰川與積雪融化的補給，湖水礦化度低，適於水生生物與水禽生長和繁衍，尤其是低窪湖區內廣泛分布著大蒿草等組成的沼澤草甸灘地，加上巴汝藏布、永珠藏布等內流河，使這裏發育著良好的內陸濕地和水域生態系統，並成為國家壹級保護動物黑頸鶴的理想棲息環境，是國內現有7個黑頸鶴保護區中，海拔最高、面積最大者。

 

　　申紮自然風景區是鳥的樂園，生活在這裏的鳥類有120多種，各種鳥類在這裏翩翩起舞，爭奇鬥艷，景象異常壯觀。

 

    申紮縣屬高原亞寒帶半幹旱季風氣候區，空氣稀薄，氣候寒冷幹燥，年平均八級以上大風達104.3天。霜期持續天數為279.1天。年日照時數為2915.5小時。年降水量298.6毫米。自然災害主要是風、雪、旱災及地震等。