甘丹曲果林寺位於西藏自治區山南地區乃東縣駐地以北的澤當鎮。西距山南電影院大約100米,東側是貢布山,北面是雅魯藏布江。
甘丹曲果林寺的前身是“彭得列謝林”。彭得列謝林建於七世達賴格桑嘉措(1708年-1757年)時期,是噶瑪噶舉派紅帽系寺院。因該寺反對頗羅鼐(1689年-1747年)政權的統治,從而受到頗羅鼐的鎮壓,被改為格魯派寺院“甘丹曲果林”。
現存的甘丹曲果林寺是由甲央頓珠等人於1900年修建,工程歷時12年。甘丹曲果林寺初定僧人員額130人,後來增至145人。文化大革命期間,該寺被毀。改革開放後,該寺逐步獲得修復。
2012年,甘丹曲果林寺僧人普布次仁被評為西藏自治區愛國守法先進僧尼。