莫斯卡自然保護區內出露地層由三疊系中統雜谷腦組之海相碎屑巖與泥質巖組成，地層傾向北東，形成明顯的單面山地貌，莫斯卡溝左岸（東岸）陡而短，右岸（西岸）緩而長且多支流。自北而南有各沖溝、金龍溝、敬其溝、卡斯甲溝與拉龍溝等五條支溝，它們的流向受構造控制明顯，甚至反方向入匯主溝谷。雜谷腦組地層在莫斯卡溝出露的以砂巖為主，板巖次之，間夾數層灰至深灰色薄層狀灰巖及泥質灰巖，厚度大於700米。由於砂、板巖的抗風化能力較強，因而多數形成深切溝谷地貌，谷坡陡峭，溝中多急流瀑布，為景區平添了許多精致的山水景觀。而在4500米以上為古夷平面的殘留，地勢平坦開闊，多數為積雪期較長的荒漠灌叢占據。

　　莫斯卡溝為壹條明顯的在冰川谷基礎上發育而成的現代溝谷，谷中冰磧物分布普遍，為景區內景觀的主要分布區。山水、瀑布急流、巖溶肖形景觀及森林、草地等動植物景觀遍布大小溝谷中。森林樹種有雲杉、冷杉、紅樺、白樺、高山楊等；動物則有白唇鹿、豹、雪豹、金雕、玉帶海雕胡兀鷲等國家壹類保護物種和藏酋猴、獼猴、豺林麝等國家二類保護動物

　　27種；另有白冠鹿、藏馬雞、藏狐等省級重點保護動物7種。各種野生動物保護完好，乃至出現寺廟中人獺和平共處的罕見景觀。