翁甲寺原為本波教寺院。傳說蓮花生大師的壹位親傳弟子名叫釋迦了真的到翁甲後，改建為寧瑪派。因該寺四周的岸壁上有自然形成的108個“翁”字（佛六字真言中的第壹字）而得名為“翁甲寺”，即百字翁寺的意思。該寺殿堂僧舍隨自然形成的巖洞依崖而居。寺院周圍有很多天然形成的奇石異山。相傳這裏有開啟藏區108處聖地門戶的金鑰匙。人們只有先到這裏取得金鑰匙後，再到其它宗教聖地朝拜願方能靈驗。四周自然景觀有七仙女峰、睡獅、大象白螺、格薩王馬鞍和珠牡王妃織機，蓮花生大師的“銅色仙境”凈土，藏區聖跡“獨腳獐”，驗證善惡的”陰間關道”和“地獄三角架”，除病祛邪的“凈身瀑布”和鎮寺之寶“金剛亥母豬象”（多吉帕果）等神奇絕妙的美景。每山每石的來歷都有動人的傳說，因而人們把翁甲寺視為康區普陀山。壹年四季朝拜者不斷，翁甲寺的香火十分旺盛。