帕竹噶举派最早的寺庙，南宋绍兴二十八年（1158）由噶举派僧人多吉杰布兴建。多吉杰布遂在此寺集徒传法10余年，因其地名帕竹，发展成为帕竹噶举派，此寺遂成为该派的主寺，多吉杰布本人也被称为帕木竹巴。嘉定元年（1208），出身于当地豪族郎氏家族的僧人扎巴迥乃（grags-pavbyung-gnas，1175-1255）作了该寺寺主，从此，寺主一职专由郎氏家族兄弟叔侄世代承袭。元代分封乌思藏各地方势力为万户，帕木竹名列十三万户之一。而万户长一职例由丹萨替寺寺主兴荐。至14世纪20年代，扎巴迥乃侄曾孙绛曲坚赞担任帕竹万户长，集家族、宗教、政治权力于一身，并以武力兼并前藏大部分地区，与后藏萨迦派相抗衡，建立帕竹第司政权。元至正十一年（1351），绛曲坚赞另建泽当寺，以讲授显教经论为主，而主寺丹萨替寺则专修密法。后帕木竹巴转为注重显教，丹萨替寺之重要地位逐渐由泽当寺取代。