甘丹曲果林寺位于西藏自治区山南地区乃东县驻地以北的泽当镇。西距山南电影院大约100米,东侧是贡布山,北面是雅鲁藏布江。
甘丹曲果林寺的前身是“彭得列谢林”。彭得列谢林建于七世达赖格桑嘉措(1708年-1757年)时期,是噶玛噶举派红帽系寺院。因该寺反对颇罗鼐(1689年-1747年)政权的统治,从而受到颇罗鼐的镇压,被改为格鲁派寺院“甘丹曲果林”。
现存的甘丹曲果林寺是由甲央顿珠等人于1900年修建,工程历时12年。甘丹曲果林寺初定僧人员额130人,后来增至145人。文化大革命期间,该寺被毁。改革开放后,该寺逐步获得修复。
2012年,甘丹曲果林寺僧人普布次仁被评为西藏自治区爱国守法先进僧尼。